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一、所选质量合格，过期不能使用。
菌肥必须低温保存(温度为4 ~ 10℃)，置于阴凉、通风、避光处，以免失效。有些菌株需要特定的温度范围，如哈茨木霉，需要在2-8℃的恒温箱中保存，有效期为一年；而有些芽孢杆菌取决于生产质量，主要取决于产孢水平。产孢量高的可以保持一年半甚至更长时间，产孢量差的半年内就会失效，菜农要慎重选择生物有机肥产品。
不能为了便宜而选择过期产品。这类生物菌含量少，失去功效。一般两年以上的生物菌肥要慎重选择。
二、根据菌株特点，选择使用方法。
建议在使用生物菌肥时，基本的施用方法是:涂抹、沟施、穴位施用，或涂抹一部分，其余可穴位施用。
不建议施生物菌肥，效果不好，但可以用来灌根，主要是液体生物菌肥。
第三，尽量减少微生物死亡。
使用时避免阳光直射；蘸根时，加适量的水，让根完全吸收。泡根后要及时种植覆土，不能混农药化肥。特别是现在很多菜农用农药浇灌根部来防治根部病害，比如多菌灵、多菌灵、硫酸铜，可以防治真菌和细菌，还可以杀死菌肥中的有益菌。因此，建议使用菌肥后，不要再用农药浇灌根部。
