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有机肥料也被称为“农家肥料”.凡是用有机材料（含碳化合物）作肥料的都叫有机肥料。主要有：人粪尿，厩肥，堆肥，绿肥，饼肥，沼气肥等.品种多，来源广，肥效持久。有机肥料生产商认为，有机肥料中含有的大部分是有机物质，很难被作物直接吸收，通过微生物的作用，可以慢慢地释放出各种营养物质，为作物提供源源不断的养分。有机肥料的使用可以改善土壤的结构、调节水分、肥力、热值，从而提高土壤的肥力和产量。
(1)具有能够提供诸如固氮基因等植物养分的微生物，但是未必能够分解污染（即，分解该物质的基因）。要实施遗传转化非常困难，而且要投入大量的资金；
(2)土壤污染物种类繁多，目前对环境造成污染的物质超过105种。由于这些污染物的结构和化学成份是不同的，因此将105种微生物混合在一起是不可能的。遗传转化的难度更大；
(3)生物农药和生物农药等在原理和菌种上有很大差别，原则上是一种细菌。因此，只有一种药剂。并能持续更久；
(4)生物肥料中的一些微生物并非典型的土壤微生物，一旦被施用到土壤中就很难存活，并且在施用之前，它们的保质期一般仅为3个月。
