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一、选择质量合格，过期不能用。菌肥须保存在低温（Z适温度4～10℃）、阴凉、通风、避光处，以免失效。有的菌种需要特定的温度范围，如哈茨木霉菌需要保存在2-8℃的恒温箱内，有效期为一年，而一些芽孢杆菌要根据生产质量高低，主要是看芽孢化水平，芽孢化高的能保存一年半甚至更久，芽孢化不好的达不到半年就失效，所以菜农应谨慎选择菌肥产品。
炭基生物有机肥厂家提醒不可以贪图便宜选择过期产品，这样的生物菌含量很少，失去功效，一般超过两年的生物菌肥要慎重选择。
二、根据菌种特性，选择使用方法。
建议大家在使用生物菌肥的时候，基施可用方法有：撒施、沟施、穴施，也可以撒施一部分，剩余部分可以穴施效果更佳。
不建议冲施生物菌肥，这样效果不佳，但是可以灌根，主要针对液体生物菌肥。
三、尽量减少微生物死亡。
施用过程中应避免阳光直射；蘸根时加水要适量，使根系吸附。蘸根后要及时定植、覆土，且不可与农药、化肥混合施用，特别是现在很多菜农为防治根茎部病害，使用农药灌根，如多菌灵、恶霉灵、硫酸铜等药剂都能防治，但对菌肥中的有益菌也有杀灭作用，所以建议使用菌肥后不要再用农药灌根。
四、为生物菌提供良好的繁殖环境。
菌肥中的菌种只有经过大量繁殖，在土壤中形成规模后才能有效体现出菌肥的功能，为了让菌种尽快繁殖，就要给其提供合适的环境。
